本发明提供了一种基于原生质体的海带分子育种方法，涉及转基因技术领域，该方法使用的原生质体为海带放散的游孢子，是天然的原生质体，其活力好、发育转化效率高，可适用于携带不同外源基因质粒的PEG融合转化应用，适用范围广。该方法所用外源质粒为pBI221‑Bar‑GFP或pBI221‑stGBSS‑Bar‑GFP，转化率明显提高，转化培养时间更短。该方法还优化了融合转化的操作过程，克服了现有的PEG融合技术中存在的问题，更适用于海带分子育种、提高转化率、缩短培养周期、降低了成本，为海带的分子遗传育种提供了一种新的途径。