本发明的一种动态多层自动翻堆立式生物好氧发酵装置，主体内部由上至下依次分隔为多层发酵仓室，每层仓室内具有至少两个动态发酵床，在物料前进方向依次向下错层接力连接，动态发酵床为传送板链式发酵床，具有带调速的驱动装置，相邻层的板链的运行方向相反，上层传送板链式发酵床的末端的出口与下层传送板链式发酵床的起始端上下间隔分布，以迂回传送物料，在主体的顶部、第一层发酵床的起始端上方具有进料斗，最底层的发酵床末端具有出料口，每层所述发酵仓室具有供氧风机和多个进风口，所述进风口位于所述传送板链的下方。本装置在动态输送物料，实现错层自动翻堆和层间自动翻料，堆层松散，空隙率和透气性好，好氧发酵充分，料层不板结。