本发明公开了一种智能变电站二次回路故障诊断方法，建立逻辑链路和物理(光纤)链路的映射关系，使用链路断链告警信息、保护装置及交换机端口状态信息、网络分析仪上送的报告控制块状态等，实现二次回路故障智能诊断。本发明的有益效果是：目前二次回路诊断方法大都是依赖站控层链路告警信息对逻辑链路故障进行单一诊断，一旦发生断链，无法从众多告警信息中快速分析、定位故障点。本方法结合链路告警信息、端口光强信息、报告控制块状态等，通过多源数据融合实现了二次回路故障智能诊断，以图形化方式展示二次回路各对象间的联系及状态，为智能变电站二次回路异常处理提供了高效便捷的手段，提高了智能变电站运维管理水平。