本发明涉及水稻抗稻瘟病基因Pi2的共显性分子标记及其检测方法与应用。水稻抗稻瘟病基因Pi2的共显性分子标记包括位于水稻第6号染色体第10389729～10389747bp处，多态性为5’-CAGGAATCTCAGATGG-3’/5’-TGTTATTCTCAGGTATTAT-3’和位于水稻第6号染色体第10452027bp处，多态性为A/G的分子标记。本发明提供的分子标记能够将Pi2与其它复等位基因进行有效鉴别，具有高度的特异性和准确性；本发明提供的Pi2基因型的检测方法通过扩增产物的电泳条带判定待测水稻材料的Pi2基因型，无需酶切，成本低廉，有利于缩短水稻的育种周期，降低育种成本。