本发明涉及一种防治虾蟹微孢子虫病的组合物及其应用，属于海水病害防治技术领域，所述组合物组成成份及质量份数为：甲基三嗪酮20～30份，牵牛子乙醇提取物10～15份，200～300目的石榴皮超微粉20～25份，200～300目的槟榔超微粉10～15份，200～300目的干刺楸树皮超微粉15～20份，k型卡拉胶10～15份，枸橼酸钙1～2份。将所述组合物制备成药饵时的添加量为15～20g/kg饲料，按照每100g组合物添加200mL无水乙醇的比例，将组合物倒入无水乙醇中，充分搅拌，然后再添加淡水用小火煮沸，并维持沸腾，之后用高压喷壶或喷枪在溶液冷却之前迅速喷洒至待投喂的饲料中并保证喷洒的均匀。制作好的药饵在夏秋季水温较高时每隔15～20天投喂5～7天，可以有效防治虾蟹微孢子虫病，减少病害损失。