本发明提供了一种晶圆盒清洗方法，所述晶圆盒清洗方法包括以下步骤：(1)使用乙醇溶液涂覆于晶圆盒表面，然后将晶圆盒敞开置于活性剂中浸泡；(2)将步骤(1)浸泡后的晶圆盒使用氢氟酸浸泡；(3)将步骤(2)浸泡后的晶圆盒使用工业清洗液浸泡；(4)将步骤(3)浸泡后的晶圆盒再次使用活性剂浸泡；(5)将步骤(4)浸泡后的晶圆盒装载到清洗装置上清洗、烘干得到洁净的晶圆盒；本发明所提供的清洗方法，使得清洗后的晶圆盒表面没有任何沾污，运输测试后，每片晶圆表面测量颗粒大于0.1μm的颗粒增加值小于5颗，同时每片晶圆表面金属含量小于1E10atoms/cm2，清洗效果显著，洁净效果优良。