本发明公开了一种PWM整流器谐波的抑制系统。该系统包括：电流调节模块，其包括电流调节器和加法器，电流调节器包括PI调节器、重复控制器和谐振控制器；PI调节器，用于对电流中的基波电流进行跟踪并得到输出电压第一分量；重复控制器，用于对电流中的六倍频分量进行跟踪以抑制6n±1次谐波并得到输出电压第二分量；谐振控制器，用于对电流中的二倍频分量进行跟踪以抑制三次谐波并得到输出电压第三分量；加法器，用于将输出电压第一分量、输出电压第二分量、输出电压第三分量进行叠加以得到输出电压。通过上述方式，本发明能够同时抑制由电网电压及死区效应所引起的6n±1次例如五次、七次谐波及由电网不平衡引起的三次谐波。