本发明提供一种安全自动装置二次回路的匹配系统及方法，该系统包括：端子排元件定义模块根据二次回路端子排上安全自动装置各元件的接入顺序，将各元件的名称进行排序，并将各元件的名称转化为第一字符编码；软件策略元件定义模块根据软件策略需求确定软件策略中的元件顺序，并根据软件策略中元件顺序将各元件的名称转化为第二字符编码；元件匹配模块确定第二字符编码与第一字符编码之间的映射关系，并根据映射关系以及软件策略中的元件顺序获取二次回路端子排上所接入的数据信号。本发明可以提高二次回路设计的适应性，即使安全自动装置各元件在二次回路端子排上的接入顺序与软件策略定义的顺序不符，也不用修改端子排设计图纸或者安全自动装置软件策略。