本发明实施例公开了一种有效原子序数计算方法、装置和存储介质。该方法包括：基于目标X射线扫描设备，确定待测物质在第一射线能量对应的第一目标衰减值以及第二射线能量对应的第二目标衰减值，其中第一射线能量低于第二射线能量；基于预设有效原子序数计算公式，根据第一目标衰减值、第二目标衰减值、计算参数对应的目标参数值以及纯水对应的有效原子序数，确定待测物质对应的有效原子序数，其中目标参数值根据与目标X射线扫描设备对应的样本数据预先对计算参数进行校准确定。通过本发明实施例的技术方案，可以提高有效原子序数计算的准确度。