本发明提供了一种远程FPGA固件代码更新系统、方法及介质，包括：远程通信模块、MCU控制模块、FPGA模块以及FLASH存储器；所述远程通信模块与MCU控制模块相连，MCU控制模块和FPGA模块相连，FPGA模块与FLASH存储器相连；所述FLASH存储器中存储有FPGA固件。本发明使用MCU控制模块，可以检验固件的合法性，防止系统被非法更新固件；采用校验字段预先存在MCU内，防止校验信息泄露，保证整个系统的安全；使用MCU控制模块，可以控制FPGA复位，使得更新后不用断电重启固件才能生效；使用MCU控制模块，可以控制FPGA上电时序，检测上电加载固件是否成功，保证系统的可靠性。