本发明公开了一种玉米淀粉加工系统，提胚装置的胚芽出口经胚芽干燥装置与胚芽包装机构相连；提胚装置的玉米糁出口与酶法浸泡装置相连，浸泡玉米出口与破碎装置的进料口相连，破碎装置出料口与纤维洗涤装置的进料口相连，纤维洗涤装置的筛上物出口与纤维脱水烘干装置的进料口相连，纤维脱水烘干装置的出料口与纤维干燥装置的进料口相连，纤维干燥装置的出料口与纤维包装机构相连。纤维洗涤装置的筛下物出口与碟片离心机的进料口相连，碟片离心机溢流口通过稀麸质溢流管与蛋白浓缩装置的进料口相连，蛋白浓缩装置的出料口与蛋白脱水干燥装置的进料口相连，蛋白脱水干燥装置的出料口与蛋白包装机构相连。该系统的产品得率高，投资省，能耗低。