本发明公开了一种高频暂态分量方向纵联保护方法及系统。本发明通过提取保护安装处的电压电流高频暂态分量数据，根据Hilbert-Huang变换计算电压电流高频暂态分量的相位关系，实现UHVDC输电系统线路的区内、外故障判断；在识别直流线路区内故障的基础上，对正、负极两侧故障方向进行简单的逻辑处理，即可实现故障极的选择，无需复杂的故障选极方案。本发明对各种故障类型均能准确识别线路区内、外故障，并可进行故障选极，保护方法受过渡电阻、故障距离等因素的影响较小。