本发明涉及一种基于排污许可的数据交换系统及方法，包括国家排污许可管理信息平台和地方排污许可管理系统，所述国家排污许可管理信息平台包括企业端和管理端；企业端将申请信息发送至管理端；管理端用于接收申请信息并发送至地方排污许可管理系统；地方排污许可管理系统对申请信息进行处理并将处理结果反馈至管理端；管理端根据处理结果生成证书并将证书分别发送至企业端和地方排污许可管理系统，本发明通过地方排污许可管理系统与国家排污许可证管理平台数据交互，使得地方环保部门可以直接获取国家的排污许可数据，将数据本地化，实现地方个性化审核需求，同时还能实现对排放污染物溯源跟踪。