本发明涉及金针菇工厂化栽培设备技术领域，具体是一种高效金针菇采收‑废料回收系统及方法。高效金针菇采收‑废料回收系统包括采收房、回收房和栽培瓶组，所述采收房内设有金针菇采收装置，所述回收房内设有废料回收装置，所述金针菇采收装置通过栽培瓶输送机与废料回收装置连接；所述金针菇采收装置包括成品金针菇输送机、金针菇根部输送机、采收装置机架、切割装置和金针菇根部取出装置；所述废料回收装置包括气动栽培瓶清理装置和废料输送机，所述气动栽培瓶清理装置包括回收装置机架、栽培瓶组翻转装置、喷气装置和栽培瓶旋转驱动装置。本发明的高效金针菇采收‑废料回收系统能够降低采收过程中对金针菇品质的损害、提高生产效率、防止喷气管损坏并提高清理效果。