本发明提供了一种边鸡分子标记的筛选方法及其应用，涉及遗传学领域。该边鸡分子标记的筛选方法，包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较边鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出边鸡的分子标记，缓解了目前边鸡保种效果的评价过程中缺少高效的分子生物学方法导致的边鸡遗传分化研究成本高、精确度低的技术问题，达到了高效快速筛选出用于评价边鸡保种效果的分子标记技术效果。本发明还提供了边鸡分子标记的筛选方法和筛选出的分子标记的应用，缓解了边鸡研究中缺少高效的分子生物学标记和筛选方法的技术问题。