本发明公开了一种适宜南方酸性红壤的复合重金属钝化剂的制备方法和应用，该复合重金属钝化剂由内到外依次包括核心颗粒，覆盖于所述核心颗粒表面的缓释层和覆盖于所述缓释层表面的速释层，按重量份数计，所述核心颗粒包括重金属吸附材料5‑10份，改酸物质2‑10份和粘合剂2‑5份；所述缓释层包括腐植酸矿粉5‑10份、氮磷钾肥10‑30份、粘合剂4‑10份和缓释材料5‑10份；所述速释层包括腐植酸矿粉10‑30份、改酸物质5‑10份和粘合剂4‑10份。本发明的复合重金属钝化剂能够钝化酸性红壤中有效态重金属，明显降低其含量，既可以快速发挥作用，缩短土壤改良期，又能持续释放长期改良土壤；而且还具有改善土壤酸性、供应植物养分的功效，能提高幼苗成活率，促进其生长发育。