本发明公开了一种海参多肽的生产方法，属于食品深加工技术领域。所述方法包括以海参肠为原料，采用微生物发酵法制备海参多肽的步骤。其中，微生物发酵法具体为将微生物培养液添加至海参肠中进行处理；选用微生物为源自中国工业微生物菌种保藏管理中心的枯草芽胞杆菌(Bacillus natto)，菌种编号为CICC 10023。本发明所述方法使海参加工副产品——海参肠变废为宝，工艺简单且成本低，同时能够有效降低污染，本发明技术方案能够产生巨大的经济效益和社会效益，因此具有良好的实际应用之价值以及广阔的工业化应用前景。