本发明公开了一种考虑恶意申请与超发惩罚的新能源电站实时有功控制方法，具体为，针对新能源电站的恶意申请和超发的情况，根据相应的考核时刻对新能源电站进行加出力申请与超发考核，针对考核时刻超发电量超过不同限额的新能源电站进行相应的恶意超发惩罚，针对考核时刻有功出力无法达到加出力申请目标并保持一定时间的新能源电站进行恶意申请惩罚，从而实现新能源电站发电及加出力申请的规范引导，减少新能源电站电力交易偏差，保障新能源公平参与市场交易，促进新能源消纳。