本发明公开了一种生防木霉菌菌剂的制备方法及在烟草种植中的应用。所述菌剂的制备方法是将木霉菌分生孢子悬浮液接种于固体发酵培养基中进行培养，七天后，收集分生孢子。将收集的木霉菌分生孢子制备成为菌剂，其形式为菌粉。当菌剂在烟草育苗和移栽时进行施菌，其在烟草育苗期和大田期菌含量稳定，定植效果好。本发明的菌剂能够全面的利用微生物种间抗生、竞争等来抑烟草黑胫病、赤星病。以木霉菌作为生物农药抑制植物病原菌，可同时保护植物，进而提高对病原菌的抑制效果，解决化学农药残留和生态环境问题。