本发明公开了一种纳污坑塘黑臭水体治理方法，包括：在黑臭水中投放由过硫酸氢钾复合盐与氨基多糖螯合盐复合而成的氧化还原电位调节剂；然后投入包括解淀粉芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌的第一复合微生物菌群；再次投入氧化还原电位调节剂；接着投入驯化后的硝化细菌；再投入驯化后的第二复合微生物菌群，所述复合微生物菌群包括光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌；最后针对坑塘水体底质特点，种植挺水植物，然后通过收割的方式彻底移除底泥、水中的N、P。通过本发明的方法，能更高效的去除纳污坑塘黑臭水体中的发黑发臭物质，加速污染物分解，对底泥进行微生态修复，恢复水体的自净能力，从而从根本上解决纳污坑塘水体黑臭。