本发明公开了一种抗辐照高阶高速可参数重构FIR滤波器设计方法及系统，其中，该方法包括如下步骤：(1)根据任务需求，确定FIR滤波器的阶数N；(2)根据FPGA型号，确定一列乘加器所包含的乘加器的个数L；(3)如果N≤L，则采用基于乘加器硬核的低阶FIR滤波器设计方法完成滤波器设计；(4)如果N＞L，则采用基于乘加器硬核的高阶FIR滤波器设计方法完成滤波器设计。本发明具有运行速度快、占用资源少和阶数高的优点，适用于卫星有效载荷FIR滤波器的设计。