本发明提供的一种垫板钻孔工装以及钻孔系统，其中垫板钻孔工装，包括：固定底座；所述固定底座的一端上设置有定位立柱，所述固定底座的中部设置有压板组件和隔板；所述固定底座的表面上设置有多个定位钻孔；所述压板组件沿着所述固定底座的宽度方向延伸设置，并用于压住位于隔板两侧的所述垫板；本发明提供的一种垫板钻孔工装以及钻孔系统，其可以对隔板两侧的多个垫板进行统一钻孔作业，能够使每次钻孔的位置一致，也即省去了每次划线的操作，既能够提高效率，还能够保证钻孔位置的精确度。