本发明公开了一种船底固着生物智能清理装置的控制系统，包括集控车控制系统、用于控制清理器进行清洗作业的清理器控制系统、用于控制导线箱进行收放线的导线箱齿轮减速机；所述集控车控制系统包括有控制面板和集控车主板，所述集控车主板包括有集控车主板输出模块接口、集控车主板输入模块接口、集控车主板通讯模块接口和集控车主板电源模块接口；所述导线箱齿轮减速机与集控车主板连接；所述导线箱齿轮减速电机、清理器控制系统、控制面板均连接在集控车主板上；该控制系统结构简单，使用方便，通过导线箱与清洗器的联动化控制，便于智能调节更换清洗区域。