本发明公开了一种E‑1,1,1,4,4,4‑六氟‑2‑丁烯的制备方法，包括以下步骤：在催化剂存在下，Z‑1,1,1,4,4,4‑六氟‑2‑丁烯发生异构化反应，得到E‑1,1,1,4,4,4‑六氟‑2‑丁烯，所述催化剂为活性炭或金属氟化物。本发明提供的技术方法不但原料容易获取、转化率高，而且反应容易控制；反应混合物采用蒸馏提纯的方式，塔顶为产物，可进一步提纯，塔釜为原料可循环至反应器中，实现连续化大规模生产E‑1,1,1,4,4,4‑六氟‑2‑丁烯。