本发明公开了一种具有搅拌功能的水利工程清淤装置及其清淤方法，清淤装置包括固定管和固定板，所述固定管的顶端安装有电机，所述电机的输出端通过联轴器固定连接有轴杆，所述轴杆的底部销接固定有搅拌杆，所述固定板上焊接固定有固定套，所述固定板的一侧焊接固定有连接座，所述固定管贯穿固定套内部，所述固定管的上部设有叶轮仓，所述叶轮仓的一侧通过法兰连接有排污管，所述固定管的底端焊接固定有吸污罩，所述吸污罩的两侧均安装有行走轮。本发明通电机带动轴杆同时驱动搅拌杆和叶轮旋转，一机多用，可以根据淤泥深度自动调整，适用于清理不同水深处的污泥，配合清淤船体的移动，可实现区域内灵活移动，完成指定区域内的淤泥清理工作。