本发明涉及通过新一代测序进行基因分型。本文提供与基因分型有关的技术并且特别但不仅仅是通过基因组测序对一种或多种有机体进行基因分型的方法。在所述技术的一些实施方案中，使用两种限制性内切酶以在所消化片段的每个末端产生具有不同突出端的两个位点。一个位点与条形码寡核苷酸连接以允许样本在分析(例如测序)期间的多重化。另一个位点与不具有条形码的寡核苷酸连接。通过设计和选择与非条形码位点互补的扩增引物来进一步减少靶向于分析的位点数目。