本发明的航天器电源系统分流调节电路防短路控制方法，电压基准排电路在原有输出n路基准信号的基础上增加一路基准信号输出，且新增基准信号的电压最小；对于每路分流调节电路，用信号MEA与原有基准信号的比较结果控制调节管的工作状态，用信号MEA与新增基准信号的比较结果控制保护管的工作状态；正常工作时，n路分流调节电路的保护管均处于导通状态，各路分流调节电路的分流调节功能由各自的调节管实现，根据负载功率需求，n路分流调节电路按照顺序分流调节控制方式为负载供电；当某一路分流调节电路的调整管发生短路故障，该路分流调节电路的分流调节功能由其保护管实现，且该路分流调节电路的分流调节顺序自动调整至最后一级。