本发明公开了一种具有联合连通拓扑的飞行控制系统协同故障估计方法，包括首先对飞行控制系统进行建模，利用图论及状态空间表达式，构建飞行控制系统中各飞行器之间的通讯连接关系，并用无向切换拓扑图来表示，同时计算出相对应的拓扑描述矩阵L和G，其中G为环路矩阵，L为拉普拉斯矩阵；其次，针对所建立的飞行控制系统模型，考虑联合连通拓扑结构，建立基于相对输出估计误差的故障估计观测器；然后通过理论推导得到飞行控制系统的全局估计误差方程，基于Lyapunov方法和线性矩阵不等式计算观测器参数，并对该全局估计误差方程进行稳定性验证。本发明在系统出现故障时，观测器可以在较短的时间内实现对故障的检测和重构。