本发明公开了一株高效吸附低浓度铜离子的根瘤菌（Rhizobiumsp.）S2，其特征在于，所述菌株于2017年9月24日保藏于广东省微生物菌种保藏中心，菌种保藏号为GDMCC NO：60247。所述菌株是利用细菌分离培养基从广州市沥窖污水厂的活性污泥中筛选、分离得到，可高效、快速地吸附低浓度的铜离子，对浓度为2mg/L的铜离子的吸附、去除率在15min可达到90%，菌体对铜离子的最大吸附量为7.6mg/g wet cells，可用于低浓度含铜废水的治理以达到废水排放标准，具有较大的应用前景。