本发明公开了一种基于柔性铰链机构的压电超声显微注射装置，所述装置包括：固定装配的封盖、柔性铰链机构、基座、旋盖及端盖，所述基座上设有泵接口；固定安装于基座、旋盖及端盖内且向外延伸的微针，所述微针与泵接口相连通；所述柔性铰链机构包括壳体、封装于壳体内的压电陶瓷封装模块、与压电陶瓷封装模块及基座固定安装的中枢轴、自压电陶瓷封装模块延伸至中枢轴内的振动输出轴，所述中枢轴与壳体之间设有若干柔性铰链梁。本发明可有效的抑制显微注射操作过程中的微针针尖有害径向振动，减小细胞损伤，大幅提高了装置的密封性。