本发明提供了一种列车集便器粪尿废液的资源化处理系统及方法，该系统包括依次连接的全混式厌氧发酵装置、氮磷回收装置、一体式厌氧氨氧化生物耦合装置和复合电臭氧催化装置；全混式厌氧发酵装置的底部设有进水口，全混式厌氧发酵装置的出水管路经提升泵与氮磷回收装置的进水口相连，氮磷回收装置的出水管路连接一体式厌氧氨氧化生物耦合装置，一体式厌氧氨氧化生物耦合装置的出水管路经提升泵与复合电臭氧催化装置进水口相连，复合电臭氧催化装置的出水管路与集水池相连。经过该系统处理列车集便器粪尿废液后，出水可实现零排放，实现了80％的磷资源化回收利用，实现了低能耗、低成本的处理铁路集便器粪尿废液，实现了氮、磷、水资源的回收利用。