本发明涉及一种水稻与烟草交替种植的方法，属于种植技术领域，公开的步骤如下：步骤1)水稻种植：选种，育秧，秧苗移栽及移栽后的田间管理，待水稻成熟后收获；步骤2)水稻田管理：水稻收获后，将收割的秸秆全量覆盖还田；步骤3)烟草种植：施肥后移栽种植烟草；步骤4)烟草管理：除草、除虫、灌溉、施肥；步骤5)烟草收获：烟草成熟后采收；该方法大大减少了烟草种植过程中化肥的使用，改良了土壤性状，提高了烟叶的产量，并大大提升烟叶里香气物质的含量，提升烟叶的品质。烟草与大豆或小麦进行套种，最大程度地充分利用种植空间和资源，防止元素的流失，保证元素的重复利用，以及生态系统的循环与平衡，利于保护环境。