本申请公开了一种集装箱储能联合运行系统和方法，该系统包括多个储能终端，每个所述储能终端分别包括能量管理系统、第一功率转换系统、第二功率转换系统和储能单元，所述能量管理系统分别与所述第一功率转换系统和第二功率转换系统通信连接，所述第一功率转换系统的直流侧分别连接于所述储能单元、以及第二功率转换系统的直流侧，所述储能单元至少包括蓄电池，其中，每个所述第二功率转换系统的交流侧分别通过一断路器连接于共同的交流电网，而且，所有所述储能终端的能量管理系统之间通信连接。本发明系统可以实现对多处集装箱储能终端均衡充放电和均匀负载，使系统更加灵活，更加方便，提高经济效益。