本发明公开了一种结构化临床诊断术语集构建方法及其系统，所述方法包括如下步骤：预先构建术语集层次结构；导入多个术语集基本信息；确定各术语集基本信息在所述术语集层次结构中的分布位置；根据预设匹配规则和/或所述术语集基本信息在现有临床诊断信息中的相关度，基于不同术语集基本信息在所述术语集层次结构中的分布位置，确定不同术语集基本信息间的映射关系；将导入的术语集基本信息按照各自在术语集层次结构中的分布位置和相互间映射关系进行存储；本发明便于医生临床诊断和有利于医院对诊断信息进行精细化管理。