本发明涉及一种催化裂化烟气脱硫废水的处理方法，包括（1）预处理：包括软化、超滤等，主要去除废水中的钙、镁等离子和悬浮物；（2）浓缩处理：采用浓缩处理以提高盐含量；（3）双极膜电渗析处理：采用两级双极膜电渗析。本发明通过采用预处理‑浓缩处理‑两级双极膜电渗析相结合的方式，降低了双极膜电渗析的处理能耗，提高了产品酸、碱浓度，解决了出水中盐含量高的问题，经济性更好。特别适用于采用碱法脱硫工艺的催化裂化装置所产生的烟气脱硫废水的处理。