本发明涉及一种阴离子型水性聚氨酯树脂、其制备方法及其应用。本发明首先设计制备了含磺酸基团及羧酸基团的水溶性聚氨酯树脂，然后与溶剂型聚氨酯树脂在适当的溶剂中均匀混合，共同分散在水中，然后脱除有机溶剂，得到水性聚氨酯乳液。通过水溶性聚氨酯树脂与溶剂型聚氨酯树脂的复配与分散，解决了聚氨酯涂膜耐水性与聚氨酯树脂水分散性的矛盾，使得水性聚氨酯树脂体系不仅能够在水中稳定分散，而且使得聚氨酯树脂涂膜具有良好的耐水性，达到了预期效果。该制备方法工艺简单，具有实际应用价值。