本发明公开了一种用于合流制排水管网系统的面污染控制系统及其控制方法。本发明的系统包括污水干管、雨水干管和雨污管道，还包括一个或多个单元区域，所述单元区域内设置有污水管道和雨水管道；所述污水管道和雨水管道的出口与所述雨污管道的进口连通；所述雨污管道的出口与污水干管的进口相连，所述污水干管的出口设置有污水处理厂；所述雨水干管的出口与自然水体连通，其特征在于：所述污水干管上设置第一雨水处理系统，所述第一雨水处理系统的进水端与雨污管道连通，其排水端分别与污水干道和雨水干管连通。本发明的系统及控制方法结构简单、建造方便，只需在市政道路有限的区域内建造分流处理系统即可实现对城市内以行政功能划分的各个区域内的污水和初期雨水的高效处理。