本发明公开了一种智能门禁系统及其控制方法，解决了指纹锁容易损坏的问题，其技术方案要点是，包括门体以及指纹锁，指纹锁包括内置于门体内的控制芯片、锁芯以及设置有指纹识别装置与密码触摸屏的控制面板，指纹锁内嵌于门体内且所述门体上还设有用于遮盖或显露指纹锁的保护装置；保护装置包括设置于门体上的盖板、驱动盖板以遮盖指纹锁或显露指纹锁的驱动装置以及用于输出触发信号至控制芯片以根据触发信号来控制驱动装置启动的触发装置，本发明的智能门禁系统及其控制方法，在未使用状态，指纹锁通过盖板密闭以起到保护的作用，同时也能达到防盗的功能；当需要使用时，则通过触发装置打开盖板以方便使用指纹锁进出。