本发明涉及分子生物学，具体公开了一种水稻抗稻瘟病重组核酸片段RecCR010005及其检测引物与应用。本发明还提供一种基于全基因组选择育种技术选育含有抗稻瘟病基因组重组核酸片段的水稻植株的方法，将目标基因组片段导入受体材料，并同时实现背景的回复。本发明改良的受体材料为‘深95B’，是广泛使用的不育系‘深95A’配套使用的保持系，利用上述方法，可以在保留‘深95B’原有优点的情况下，导入稻瘟病抗性基因组片段，提高其稻瘟病抗性。本发明提供的重组核酸片段与稻瘟病抗性紧密相关，可作为抗性资源应用于其他品种的培育。