本发明公开了一种微小型航空发动机燃油控制系统与起动控制方法。该系统包括燃油箱、燃油滤、电机燃油泵、主供油阀、优先供油阀、点火供油阀、泵后压力传感器、发动机状态传感器、点火器、起动电机和发动机电子控制器。所述方法是由发动机电子控制器根据发动机状态传感器和泵后压力传感器信息自适应控制起动时序和供油量。本发明全部采用电控组件，无需回油路，减轻控制系统重量，同时弥补了微小型航空发动机冷态起动燃油不易雾化的缺陷，大大提高宽环境范围内的起动可靠性。