本发明涉及一种模块化多电平换流器分层放电控制系统及方法，1)放电前，打开交流断路器，闭合MMC直流侧正、负极接地开关，各桥臂中旁路开关处于断开状态，令MMC中所有子模块处于切除状态；2)对MMC各桥臂子模块进行编号，并设定投入子模块序号初始值为1，控制MMC开始第一层放电；3)设定各桥臂子模块电容的最终电压；4)当各投入子模块电容的电压值均达到设定的最终电压值时，发送更新信号到更新模块；5)更新投入子模块序号，并将更新后的投入子模块序号发送到判断模块；6)若更新后投入子模块序号大于各桥臂包括的子模块总数目，则放电过程结束，否则重复步骤3)～5)，实现MMC逐层放电。本发明可广泛应用于模块化多电平换流器的放电中。