本发明提供了一种径向井解决薄互层的钻井方法，包括以下步骤：步骤1、将定位导向工具(1)下入井筒内的待作业设计深度；步骤2、进行套管钻孔开窗；步骤3、进行钻水泥环作业；步骤4、进行钻近井带地层作业；步骤5、进行钻远端地层作业。该径向井解决薄互层的钻井方法可先后完成定位导向、套管钻孔、钻水泥环、钻近井带地层、钻远端地层作业，最终在被作业井筒设计层位完成直径25mm～30mm、距离为30米的径向孔眼，该施工方法适用于薄互层的储藏改造，可使油井增产、水井增注。