本发明涉及一种端巯基有机含磷‑氮‑硫酯化物及其制备方法和由其制得的阻燃聚酯纤维POY丝，首先通过侧基含磷二元羧酸与季戊四醇的反应得到端基为羧基的DAPER，然后通过端巯基含氮一元羧酸与二元醇的反应得到一端为巯基、另一端为羟基的DADA，最后通过DAPER与DADA的反应得到最终产品。最终产品为高分子量的固态酯化物，分子的端基为巯基，内部含有15.1～16.04wt％的磷元素、氮元素和硫元素，具有热稳定性高、用途广泛等优点。将最终产品作为阻燃剂用于制备阻燃聚酯纤维POY丝，阻燃聚酯纤维POY丝的极限氧指数≥38％，单丝纤度为0.3～1.0dtex，断裂强度≥2.1cN/dtex。