本发明提供一种集装箱平车包装系统和包装方法。其中，集装箱平车包装系统，用于包装两个以上层叠设置的集装箱平车，集装箱平车包装系统包括：铁鞋组成，其设置在最下层集装箱平车的车轮外围并对该车轮进行固定；吊架组成，其围设在两个以上集装箱平车的外部并使两个以上集装箱平车相对固定；吊钩组成，其设置在每一集装箱平车的至少一对车轴之间并且对该集装箱平车的车轴和中梁下盖板进行固定；绳索组成，其两端分别套设在两个相邻的集装箱平车上并使两个相邻的集装箱平车相对固定。本发明提供的集装箱平车包装系统及包装方法，能够提高集装箱平车的运输效率并保证运输过程中的安全。