本发明公开了一种页岩非均质性划分与对比方法，该方法包括：1）高频层序划分与对比，为页岩储层的垂向非均质性划分建立等时地层对比格架；2）等时地层对比格架中宏观非均质性的研究，在等时地层对比格架中分析确立页岩储层不同高频层序段的宏观非均质性的纵横向变化特征；3）等时地层对比格架中微观非均质性的研究，确立不同高频层序段页岩储层微观非均质性纵横向变化特征；4）小层划分与对比，在等时地层对比格架中，依据宏观和微观非均质性研究成果中页岩储层非均质性特征，进行小层精细划分。使用本发明方法选取纵横向均质性高的页岩储层作为持续稳产式开采选层，并为后期的页岩气的开发纵向选层、平面分区及开发技术政策提供地质依据。