一种半自动兽粪日本血吸虫虫卵孵化装置及其孵化方法，属于血吸虫病防治技术领域。该装置包括粗渣过滤模块、集卵模块和孵化模块，所述粗渣过滤模块与集卵模块相连通，集卵模块和孵化模块相连通。其孵化方法为首先将兽粪放置于粗渣过滤模块中进行进水操作，经下一步在集卵模块中进水，最后进行孵化，经孵化模块收集样品流出液，对其进行显微观察。采用本发明提供的装置能够快速得出检测结果，减少检验人员与样品接触机会，还能够降低耗水量、减轻劳动强度，具备检验结果稳定的特点。