本发明公开了一种同时分离制备高纯度辅酶Q10和还原型辅酶Q10的工艺，以菌渣为原料进行渗漉提取得含辅酶Q10和还原型辅酶Q10的渗漉提取液，通过结晶分离出大部分辅酶Q10，并将结晶母液还原得还原液，还原液经萃取得到含还原型辅酶Q10的萃取液，将萃取液进行结晶处理分离出还原型辅酶Q10，最终得到了纯度达98％以上的高纯度辅酶Q10和纯度达98％以上的高纯度还原型辅酶Q10，总收率为94％以上，整个工艺简单可靠、易操作，易于实现，参数便于控制。