本发明属于信号处理技术领域，提供了一种自主神经系统的分析方法、服务器及系统，所述方法包括：接收移动终端发送的预处理后的待测用户的心电信号；根据所述预处理后的心电信号，获得所述待测用户的心率信号和呼吸信号；对所述心率信号进行频谱分析，以获得所述心率信号的功率谱曲线图；以及对所述呼吸信号进行频谱分析，以获得所述呼吸信号的功率谱曲线图；根据所述心率信号的功率谱曲线图和所述呼吸信号的功率谱曲线图，分析所述待测用户的自主神经系统，并将分析结果发送给所述移动终端，以使得所述移动终端显示所述分析结果。通过本发明可提高分析自主神经系统的准确性。