本发明涉及中央空调控制领域，公开了一种热回收多联机系统运行控制方法、装置及多联机系统。该方法包括：获取用于对第一区域进行制热的第一组内机的总制热能力，用于对第二区域进行制冷的第二组内机的内机制冷能力，以及第二区域制冷所需的总热负荷；根据总热负荷和内机制冷能力，计算用于对第二区域进行制冷的冷水机组的冷水机组热负荷；基于总制热能力、总热负荷、内机制冷能力以及冷水机组热负荷，确定多联机系统的性能系数；以及调整第二组内机中工作内机的组合，以使性能系数最大的组合控制多联机系统运行。通过上述技术方案，确定多联机系统的性能系数，并调整第二组内机中工作内机的组合，能够实现多联机系统机组的高效运行。