本发明提供了一种基于保护智能中心的采样同步方法和采样同步装置，其中，基于保护智能中心的采样同步方法包括：确定纵联差动保护装置的发送信道的时延范围和接收信道的时延范围；根据预设的乒乓对时步骤确定发送信道和接收信道的时延之和；根据发送信道的时延范围、接收信道的时延范围和时延之和确定发送信道的时延和接收信道的时延；根据发送信道的时延或接收信道的时延对纵联差动保护装置的采样参数进行修正，其中，采样参数包括采样时刻、时钟和采样数据中的任意一项。通过本发明技术方案，解决了在发送信道和接收信道时延不一致时的采样同步问题，提升了采用纵联差动保护的线路的安全性。